على الرغم من أن الكنيسة المصرية تسمح للمرأة بالوصول لعدد من الدرجات الهامة، مثل" الراهبة، والمكرسة، والخادمة، وأمينة الخدمة والمرنمة"، إلا أن هناك أمور تمنعها الكنيسة بشكل تام على المرأة.

1-الكهنوت
على عكس الكنائس الغربية، فالكنيسة المصرية لا تسمح بكهنوت المرأة نهائيًا، وعلى غرار ذلك تمنع الكنيسة القبطية وصول المرأة لمرتبة الأسقفية، مثل الكنيسة اللوثرية وغيرها من الكنائس الانجليكانية، فلم يحدث مطلقًا وأن تولى مسؤولية الأسقفية سيدة أو فتاة من قبل.

2-رئاسة الكنيسة
على مدار 2017 عامًا، وطيلة فترة حكم الـ118 بطريركًا للكنيسة المصرية، والذي يحتل البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، لم يسبق وتم تعيين امرأة في منصب البطريرك نهائيًا، حيث تحرص الكنيسة المصرية أن يُسند منصب رئاسة الكنيسة للرهبان الأقباط الأرثوذكس فقط، حيث أن الكنيسة لاتسمح بأن ترأسها فتاة نهائيًا.

3-أهم الأسرار الكنسية
قالت رابطة الشماسات النساء، في الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، إن هناك بعض القضايا التي لم تفصل فيها الكنيسة بشكل قطعي وواضح وصريح، مثل قضية جواز تقدم المرأة للتناول من الأسرار المقدسة أثناء مرورها بفترة الدورة الشهرية، والأسرار المقدسة حسب نظر الكنيسة هي جسد ودم المسيح، فالبعض يرى أنه يجوز تقدم المرأة للأسرار المقدسة خلال فترة الدورة الشهرية، مثل الأنبا بفنتيوس، أسقف الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في منطقة سمالوط بمحافظة المنيا، والذي كتب كتابًا بعنوان "المرأة في المسيحية"، يؤكد فيه جواز تقدم المراة الحائض للتناول بسبب ان المسيح لم يرفض المرأة نازفة الدم، وكذلك أن الإيمان الارثوذكسي يرى أن الدورة الشهرية هي عملية فسيولوجية بحتة، خلقها الله مثل بقية إفرازات الجسد، والتي لم يتمنع الفرد بسببها من التناول، مساويًا بين الدورة الشهرية وبقية الافرازات، مثل اللعاب والعرق.

أكد الأنبا بفنتيوس، في كتابه "المرأة في المسيحية"، أن تعاليم رسل السيد المسيح الأولى، لاتمنع تقدم المرأة الحائض للتناول، لأن السيد المسيح أكد في عدة مواقف لتلاميذه، إنه يجب على الفرد أن يصلي كل حين، كما أيد تلك النظرة الراهب يوئيل المقاري، أحد تلاميذ القمص الراحل متى المسكين، والذي كان أول من تبني تلك النظرية وحارب لأجلها، حيث ترجم يوئيل بحث حمل عنوان "المرأة والتناول".

بينما عارض أسقف سمالوط، والراهب يوئيل، في نظريتهم، الأنبا أغاثون، أسقف الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، بمنطقة مغاغة والعدوة بمحافظة المنيا، ورئيس رابطة الكلية الإكليريكية، وذلك في مذكرة رسمية، بتاريخ 27 نوفمبر 2016، تكون من 14 صفحة، حصلت "المواطن" على نسخة منها، قدمها إلى المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، والمكون من 124 مطران وأسقف، برئاسة البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وسكرتارية الأنبا رافائيل، أسقف عام كنائس وسط القاهرة.

حيث وصف الأنبا أغاثون، المطالبة بتناول المرأة الحائض بـ"البدعة الحديثة"، مؤكدًا أن الكنيسة تساوي بين الرجل والمرأة في ذلك الشأن، فكما أن الكنيسة تمنع المرأة الحائض من التقدم للتناول، فكذلك الرجل الذي تعرض لأي إفرازات جنسية، مستدلًا على أراءه بأقوال للبابا الراحل شنودة الثالث، وكذلك الأنا اغريغوريوس، أسقف اللاهوت والبحث العلمي الراحل.