تمكن الجونة من الصعود إلى دوري الاضواء والشهرة مرة اخرى عقب تصدره جدول المجموعة وفوزه على فريق السلام بهدف دون رد.

نادي الجونة تم تأسيسه عام 2002، في أكبر منتجع سياحي بمدينة الغردقة،مؤسس النادي سميح ساويرس.

الخسارة تاريخية أمام النادي الأهلي فى كأس مصر،بنتيجة 13-0، وهي أكبر نتيجة في تاريخ كرة القدم المصرية، وخاض  الفريق اللقاء بلاعبي الناشئين تحت الـ18 عاما وشارك فى المباراة أصغر لاعب فى تاريخ الكرة المصرية الذى كان يمتلك من العمر 12 عاما.

موسم 2004 – 2005 شارك الفريق في دوري الدرجة الثالثة، تحت قيادة المدير الفني محمد عبدالسميع، المدير الفني الأسبق لفريق المقاولون العرب، ونجح الفريق في الصعود للدوري الممتاز “ب”.

موسم 2005 – 2006 وصعد الفريق لدورة الترقي بعد أن احتل قمة مجموعة الصعيد وكان ذلك على يد كمال عثمان.

موسم 2006 – 2007 احتل المركز الأول تحت قيادة محمد عبدالسميع،ولعب في دورة الترقي للموسم الثاني علي التوالي، إلا أنه جاء في المركز الثاني خلف فريق الألمونيوم الذي صعد للدوري العام.

وظل الفريق على هذا الوضع حتى موسم 2009 – 2010 صعد الفريق للدوري الممتاز، لأول مرة في تاريخه، تحت قيادة المدير الفني إسماعيل يوسف، بعد أن حصد الفريق 64 نقطة، بفارق ثلاثة نقاط عن فريق مصر للمقاصة الذي جاء في المركز الثاني، من 18 فوز ، و10 تعادلات، وخسر في مباراتين فقط، وأحرز 54 هدفا، ودخل مرماه 17 هدفا.

هبط فريق الجونة، لدوري القسم الثاني موسم 2015، بعد جدل كبير بين إدارة النادي واتحاد الكرة، عقب اكتشاف واقعة تزوير للاعب الداخلية، لتلجأ إدارة النادي المحكمة الرياضية لحسم بقائها وهبوط فريق الداخلية إثر ثبوت التزوير، ليأتي القرار بإيقاف اللاعب وهبوط فريق الجونة لدوري القسم الثاني.

ورصدت "بوابة المواطن" أرقام الجونة فى الدورى وجاءت كالتالى:

-خاض الجونة بالدورى من قبل 118 مباراة خلال مسيرته حقق 33 انتصار – 41 تعادل – 44 هزيمة – سجل 102 هدف – استقبلت شباكه 116 هدفا