صلاح الدين الأيوبي يقضي على الأزهر الشيعي
وعلى الرغم من إغلاق الأزهر في العصر الأيوبي، إلا أن الحياة العلمية لم تتأثر أبدًا ولم يتوقف النشاط التعليمي، فقام صلاح الدين بإنشاء مدرسة للشافعية بجوار مسجد عمرو، ومدرسة أخرى للمالكية وعرفت باسم دار الغزل ثم عرفت بالمدرسة القمحية، وبنى مدرسة ثالثة للفقهاء الحنفية أطلق عليها اسم المدرسة السيوفية، كما بنى مدرستين أخريين لفقهاء المذهب الشافعى خاصة، وهو المذهب الذي كان عليه أكثر أفراد البيت الأيوبي نفسه، وكانت مدرسة منها بجوار الإمام الشافعي والأخرى بجوار المشهد الحسيني.

من جامع القاهرة إلى جامع الأزهر
عُرف منذ إنشائه، باسم جامع القاهرة، وظل هكذا معظم سنوات الحكم الفاطمي، ولكن بعد ذلك اندثر ذلك الاسم، وظهر مسمى الجامع الأزهر، وهناك عدة أقاويل في ذلك، لعل أقواها هو ذلك الرأي الذي يقول أن لفظة الأزهر مشتقة من الزهراء لقب السيدة فاطمة بنت رسول الله (صلى الله عليه وسلم)، التي كانت الدولة الفاطمية تنتسب إليها، ومن ثم أطلق على جامع القاهرة اسم الأزهر، تيمنًا باسم السيدة فاطمة الزهراء.

بلغ عدد أروقة الأزهر تسعة وعشرين رواقًا أنشأها السلاطين والأمراء والعظماء، وخصص معظمها للطلاب الفقراء والمنقطعين لطلب العلم وكان معظمهم من الأغراب الذين لا مأوى لهم، وبعضها خصص لأهل مصر خاصة من طلاب الريف الذين لا سكن لهم بالقاهرة، وكان لكل رواق شيخاً يعتبر بمثابة رئيس ومدير لمصالح الرواق، يعاونه وكيل يقوم مقامه في غيبته، كما يساعدهما نقيب الرواق، وهو من الطلاب القدامى ويتولى أخذ الغياب والحضور وغير ذلك.