رصدت لجنة تقصى حقائق فساد القمح في تقرير أهم مخالفات الكروت وصرف الخبز، موضحًا وجود كروت محمل عليها برامج معينة من خلال بعض الموظفين الفاسدين بالشركات يتم تحميل بيع وهمي للخبز من خلالها على ماكينات الصرف بالمخابز.
وأضافت لجنة تقصى حقائق فساد القمح فى تقريرها حول أهم مخالفات الكروت وصرف الخبز، قيام بعض موظفي مكاتب التموين بعمل إضافات لأعداد مستحقين وهمية على البطاقات المختلفة (أسرة – جمعية ) دون وجه حق، حيث إن لهم الصلاحية التامة فى هذا دون مراجعة الشركات وقيام رئيس قسم المخابز بتسليم أمانة اللجنة العديد من القضايا التي تم إجراؤها وأخطر بها وزير التموين من خلال مكتبه. 
وأشار التقرير، إلي أن رئيس قسم المخابز والشركات الثلاثة فجر مفاجأة أمام اللجنة، حيث قرروا أن وزير التموين والتجارة الخارجية قد أصدر تعليمات وصلت إليهم من خلال خطاب بتوقيع رئيس قطاع الرقابة والتوزيع بوزارة التموين بإيقاف حظر القوائم السوداء للبطاقات والتى تشمل كل البطاقات المفقودة والمزدوجة مع الورقية وكل البطاقات ذات التعامل غير الشرعي اعتبارا من 23 /5/2016، وقد أفادت شركة سمارت بأنها قامت بإرسال خطاب إلى وزارة التنمية الإدارية فور وصول خطاب وزير التموين تفيد بأن هذا الإجراء سيزيد من أعباء الدعم، حيث سيفتح المجال للصرف لغير المستحقين فى الخبز المدعم وكذا نقاط الخبز، بالإضافة إلى أن هذا الإجراء لن يجعل هناك حذف لبعض البطاقات كأثر جانبى فنى نتيجة هذا الإجراء،وأن الإدارة العامة للتموين أعلنت القبض على اثنين من موظفي شركة سمارت وإحالتهما للنيابة العامة لتورطهما فى العديد من الجرائم الخاصة بالأموال العامة، وقد تم حبسهما 15 يوما على ذمة التحقيق ثم تجديد حبسهما حتى الآن،وأن إحدى القضايا التى تم إيقاف التحقيق فيها وحفظها كانت القضية رقم 8166 لسنة 2015 جنح قسم ثان الإسماعيلية والتي كان المتهم فيها رئيس شعبة المخابز بالإسماعيلية، حيث بلغت قيمة المخالفات مبلغ 11,233 مليون جنيه (أحد عشر مليون ومائتين وثلاثة وثلاثين ألف جنيه) صرف خبزا وهميا من خلال اختراق منظومة الصرف الإلكتروني بواسطة ثلاثة ، وكان محبوسا على ذمة القضية وتم الإفراج عنه بموجب خطاب من وزير التموين والتجارة الداخلية بحفظ التحقيقات. 


وكشف التقرير عن أبرز المخالفات المتكررة فى الأماكن التى تفقدتها لجنة تقصى حقائق حول موضوع الفساد ومافيا التلاعب فى توريدات القمح وإهدار المال العام لصالح مستوردي القمح، الذى انفرد به الموقع، حيث رصدت اللجنة عدة ملاحظات عامة أثناء الزيارات ومن أهمها وفقا لما ورد بالتقرير النهائي للجنة:- 
- ثبوت وجود توريدات وهمية بالمستندات مما ترتب عليه وجود نسبة عجز فعلى بجميع الشون والصوامع التى تم زيارتها (أى بنسبة 100% من العينة التى تم زيارتها )، وما أمكن حصره حتى انتهاء زيارات اللجنة عجز مقداره 200 ألف طن تقريبا بما يعادل 560 ميلون جنيه بخلاف ما قد يظهر من عجز فى صوامع أو شون خاصة أخرى والبالغ عددها حوالى 135 موقعا. 
- عدم انتظار الحركة اليومية للصادر والوارد والتفتيش. 
- عدم تواجد مالكي المواقع أو أى من ممثليهم. 
- عدم وجود مسئولي الشركات المستأجرة أو أحد من ممثليهم لإدارة تلك المواقع من الشركة المصرية. القابضة للصوامع أو الشركة العامة للصوامع. 
- وجود نسبة من الأتربة مخلوطة بالأقماح بالشون والصوامع. 
- سوء تخزين الأقماح فى الشون مما يعرضها للتلف وعدم صلاحيتها للاستخدام الآدمي. 
- تعطل موازين البسكول الإلكترونية فى بعض المواقع ووجود كيانات موازين غير حقيقية يشتبه تزويرها. 
- مخالفة حجم السعات التخزينية للخلايا بالصوامع ومساحات الشوت لما هو ثابت بالعقود والمستندات وفقا لتقديرات وقياسات شركة (SGS) الدولية التى استعانت بها اللجنة فى عملها، وتجدر الإشارة إلى أن السعات التخزينية لكل صومعة يتم تحديدها طبقا لنفس طرق القياس المستخدمة بواسطة شركة (SGS). 
- عدم وجود مستندات دالة على ملكية المواقع أو تأجيرها. 
- تلاحظ عدم وجود عدادات رسمية للكهرباء فى بعض المواقع. 
وأكدت لجنة تقصي حقائق فساد القمح وقوع مسئولية قانونية (جنائية – تأديبية – مدنية)،علي وزير التموين خالد حنفي حيث ترى أن هناك مسئولية قانونية للعديد من الأطراف فيما ورد بالتقرير من وقائع ومسئوليات والتى لها ارتباط وثيق بمنظومة القمح "توريد وإدارة المخزون، الطحن، إنتاج رغيف الخبز" موضحة فى تقريرها، أن من يثبت مسئوليته القانونية والجنائية وزير التموين والتجارة الخارجية وكل من يثبت مسئوليته عن المخالفات التى رصدتها اللجنة من الموظفين العمومين بالوزارات المعنية التموين والتجارة الداخلية والزراعة والصناعة وشركتي المصرية القابضة للصوامع أو العامة للصوامع التابعتين لوزارة التموين وأصحاب مواقع التوريد والتخزين من القطاع الخاص المستأجرة لصالح شركات وزارة التموين. 
وأوصت اللجنة، أنه إعمالا لحكم الدستور والقانون فإن اللجنة توصى بإحالة التقرير ومرفقاته وكافة البيانات والمستندات التى تحصلت عليها إلى النائب العام وجهاز الكسب غير المشروع وغيرها من جهات التحقيق والاختصاص لاتخاذ ما يرونه فى هذا الشأن لحفظ حق الشعب وحماية مقدرات الدولة وهيبتها.