منذ عودته للتدريب في 30 نوفمبر 2016 أدار محمد حلمي المدير الفنى للفريق الأول ، لكرة القدم بنادى الزمالك الفريق فى 17 مباراة بواقع 12 مباراة في الدوري ، ومبارتين في كأس مصر، ومباراتين في دوري أبطال أفريقيا ، ومباراة نهائى كأس السوبر المصرى .

لم يكن أداء الزمالك مستقرا ،تحت قيادة "حلمى" ، فتارة يكون الأداء جيد ، وتارة يكون ضعيف ، بالرغم من نجاحه ، فى الفوز ببطولة كأس السوبر، والتأهل لدورى المجموعات ، فى البطولة الإفريقية ، الا ان الاخفاق الأكبر ،كان فى بطولة الدورى  .

واقترب الفريق بشكل كبير ،من خسارة الدورى ، بعدما تربع الخصم التقليدى النادي الأهلى ، على عرش جدول الترتيب ،وبفارق 15 نقطة عن القلعة البيضاء.

الأمر الذى دفع مجلس ادارة نادي الزمالك ، برئاسة "مرتضى منصور" ، الى اقالة "محمد حلمى" ، ومعاونيه بالكامل ،وتعيين مدرب اجنبى بدلا منه ،وسيكون بنسبة كبيرة البرتغالى ايناسيو ومعه ثنائى مساعد.

خاض الفريق 12 مباراة فى الدورى تحت قيادة محمد حلمى فاز فى سبعة منها على " النصر للتعدين وطلائع الجيش والشرقية والإنتاج الحربى والإتحاد السكندرى وبتروجيت والداخلية، بينما خسر فى أربعة لقاءات أمام " الأهلى والإنتاج الحربى ومصر المقاصة وسموحة "، وتعادل فى مباراة وحيدة أمام ممثل الصعيد أسوان.

ولعب الفريق الأبيض مبارتين فى بطولة كأس مصر تحت قيادة حلمى نجح فى الفوز على الأوليمبى فى دور الـ32 للبطولة ثم عبر حرس الحدود فى دور الـ16 ليصعد الى دور الثمانية من البطولة.

ونجح حلمي في تحقيق لقب كأس السوبر المصرى على حساب الغريم التقليدى الأهلى بركلات الترجيح بثلاثة أهداف مقابل هدف.

وفي دوري أبطال أفريقيا حسم الزمالك تأهله مع حلمي إلى دور الـ16، بعد الفوز على فريق رينجرز النيجيري بنتيجة مجموع المباراتين 5-3، من دور الـ32.

ولحين وصول البرتغالي أوجستو إيناسيو، لتولي مهمة تدريب الفريق الأبيض، قرر مرتضى منصور رئيس النادي بتكليف محمد صلاح مدرب عام، والمسئول المؤقت عن تدريب الفريق، كما تم تعيين علاء عبد الغني مدرب مساعد، وعبد الحليم علي مدير للكرة، لكنه اعتذر عن المنصب، لالتزامه في الفترة الحالية بالتحليل في الفضائيات.