وكانت قد قضت المحكمة -في يونيو 2015- بإعدام مرسي و5 آخرين، بينهم محمد بديع المرشد العام، كما عاقبت 93 متهما غيابيًا بالإعدام شنقًا، بينهم الداعية الإسلامي يوسف القرضاوي ووزير الإعلام الأسبق صلاح عبدالمقصود، كما قضت بمعاقبة 20 متهمًا حضوريًا بالسجن المؤبد.

ومن بين المتهمين في القضية عناصر من حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله والحرس الثوري الإيراني.

وتعود وقائع القضية إلى عام 2011 إبان ثورة 25 يناير، حيث اقتحمت عناصر سجن وادي النطرون يوم 29 يناير، وتم الاعتداء على منشآت أمنية، وأسندت النيابة للمتهمين في القضية تهم "الاتفاق مع هيئة المكتب السياسي لحركة حماس، وقيادات التنظيم الدولي الإخواني، وحزب الله اللبناني على إحداث حالة من الفوضى لإسقاط الدولة المصرية ومؤسساتها، وتدريب عناصر مسلحة من قبل الحرس الثوري الإيراني لارتكاب أعمال عدائية وعسكرية داخل البلاد، وضرب واقتحام السجون المصرية".