متهم بازدراء الأديان..
تقدم طارق محمود المحامى، ببلاغ إلى النائب العام رقم 14966 لسنة 2017 ضد سعد الدين إبراهيم صاحب مركز إبن خلدون، واتهمه بازدراء الأديان، وقال طارق محمود في بلاغه، أن المقدم ضده البلاغ في سياق تلك التصريحات وردوده على الأسئلة الموجهة إليه أقر أنه ضد الحجاب وضد المادة الثانية من الدستور، وأطلق تصريحات معادية للشريعة الإسلامية كمصدر رئيسي للتشريع، معتبرًا أنها لا تتناسب مع القرن الواحد والعشرين، وهاجم كل ما يمت بصلة لمعتقدات المجتمع المصرى التى يعتنقها منذ قرون ويؤمن بها، والأغرب أن مصدر تبرير سعد الدين ابراهيم لمنع حجاب المرأة في أن الرجل لا يتحجب مثلها.

متهم بإهانة الدين الإسلامى..
كشف سامح عبد الحميد حمودة، الداعية السلفي البارز، قيامه بالتواصل مع بعض المحامين لرفع دعوى قضائية للحكم بردة وكفر سعد الدين إبراهيم مدير مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، حيث وافق سعد على تقنين أوضاع الشواذ جنسيًّا، في الوقت نفسه يؤكد على رفضه للحجاب والنقاب ولذلك أطالب بدعوى قضائية بردته عن الإسلام ودعوى قضائية لنشره الفجور والدعوة إلي اللواط المحرم.

الإهانة لسمعة مصر..
قضت المحكمة بمعاقبته بالحبس لمدة عامين مع الشغل عام 2008، وبكفالة قدرها عشرة آلاف جنيه، لإيقاف تنفيذ العقوبة، وذلك بعد إدانته بتهمة الإساءة لسمعة مصر وهيبتها والإضرار بالمصلحة القومية، وقد استندت حيثيات الحكم إلى تقرير أعدته وزارة الخارجية المصرية، يشير إلى أن كتاباته المنشورة بالعديد من كبريات الصحف الأمريكية والعالمية حول الأوضاع الداخلية في مصر، تضمنت مطالبة الإدارة الأمريكية بربط برامج المعونة التي تتحصل عليها الحكومة المصرية، بإحراز تقدم في مسار الإصلاح الديمقراطي.

متهم بالتمويل الخارجي..
عام 2000 حكم عليه ب 7 سنوات من محكمة أمن الدولة العليا بتهمة التمويل الخارجى وتشويه سمعة مصر وبعد مضي 3 أعوام قضت محكمة النقض ببراءته.

زيارته لتل أبيب..
شارك سعد الدين إبراهيم في إلقاء المحاضرات البروفيسور شيمون شامير، والذي عمل كسفير لإسرائيل في مصر والبروفيسور أفياد كلاينبرج والبروفيسور أوزي رابي والدكتورة ميرا تسوريف، وشلومو أفينيري أستاذ العلوم السياسية بالجامعة العبرية الذي عمل مديرا عاما في وزارة الخارجية الإسرائيلية في حكومة إسحق رابين، والذي سيحدد محاضرته عن المجتمع المدني في مصر وتراثها الفرعوني.