وتتضمن الكلية أقسام علمية وهي قسم بيولوجيا الفم والوجه والفكین، وقسم باثولوجيا الفم والوجه والفكین، وقسم المواد الحیویة لطب الأسنان، وقسم الاستعاضة الصناعية للفم و الوجه والفكین، وقسم الاستعاضة السنیة المثبتة، وقسم العلاج التحفظي للأسنان، وقسم جراحة الفم والوجه والفكین، وقسم طب الفم وعلاج اللثة والتشخيص، وقسم طب اسنان الاطفال والصحة العامة للفم والاسنان، وقسم تقويم الأسنان، وقسم علاج الجذور، وقسم اشعة الفم والوجه والفكین.

وتمنح كلیة طب الأسنان بجامعة أسيوط درجة البكالوريوس فى طب و جراحة الفم والأسنان، ومدة الدراسة خمس سنوات، وتنقسم إلى مرحلتين، هما: مرحلة ما قبل الإكلینیكیة الفرقة الاولي والفرقة الثانية والفرقة الثالثة والمرحلة الإكلینیكیة الفرقة الرابعة والفرقة الخامسة. 

وتقدم الكلية نظام تعليمي متميز للطلاب من خلال نظام القسم المشترك، والبرامج التعليمية المختلفة في ضوء المعايير المحلية والعالمية، وتقدم خدمة طبية متميزة لعلاج الأسنان في صعيد مصر وعلى أعلى مستوى طبى وبمواصفات طبية عالمية.