كان التناقض هو عنوان العلاقة بين الإخوان والكنيسة، فبين الهجوم على البابا شنودة قاموا بزيارة الكنيسة للاحتفال بالأجواء القبطية، وبرغم الشماتة في موته استنكر بعض قيادات الإخوان الهجوم على شنودة، وظل التناقض عنوان المشهد خاصة مع تغيير الموقف السياسي لجماعة الإخوان المسلمين من عدم الترشح للرئاسة وعدم الحصول على الأغلبية البرلمانية في مجلس الشعب والشورى إلى الدفع بمرشح رئاسي وحصولهم على رئاسة مجلسي الشعب والشورى.
جرت الوقائع العديدة من الأحداث الطائفية في فترة حكم الرئيس مرسي مثل الهجوم على الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، واصدار بيان من الكنيسة يحمل الإخوان المسؤولية السياسية عن الأحداث خاصة بعد تحالف الإخوان المسلمين غير المعلن مع التيار السلفي وحزب النور ذي الخطاب الديني المعادي للأقباط والذي ساهم في تأكيد مخاوف المكون المسيحي من الإخوان المسلمين بشدة.
أدى موقف الكنيسة من ثورة 30 يونيو إلى دفع الثمن غالياً حيث تم الاعتداء على نحو 67 كنيسة ومنشأة قبطية فى محافظات المنيا، وسوهاج، والفيوم، والسويس، والجيزة، وأسيوط، وبنى سويف، والعريش.
وقال التقرير الذى أعده كل من أنطوان عادل ونادر شكرى العضوين المؤسسين بالاتحاد، أن أبرز الاعتداءات كانت بمحافظات المنيا وأسيوط والسويس وسوهاج وكانت كالتالى:
فى محافظة المنيا، سجلت أعلى خسائر للأقباط من استهدافهم وحرق كنائسهم فى ثلاثة مراكز هى المنيا ودير مواس وبنى مزار، حيث تعرضت قرية دلجا - التى تمت مهاجمتها يوم 4 يوليه عقب بيان الفريق السيسى بعزل مرسى وحرق عدد من المتاجر ومبنى خدمات تابع للكنيسة الكاثوليكية - لهجوم من صباح الأربعاء وحتى العاشرة مساء من نفس اليوم، والتى أسفرت عن خسائر شديدة، وتم حرق دير العذراء والأنبا إبرام وما بداخله من محتويات "كنيسة العذراء الأثرية وكنيسة مار جرجس ومبنى خدمات ومقر إقامة للأسقف وحضانة"، ومهاجمة وتدمير ونهب وحرق ما يزيد على 20 منزلا ملك للأقباط، ومقتل قبطى يدعى إسكندر طوس بقرية دلجا بالمنيا إثر اقتحام منزله وإطلاق النيران عليه، وحرق كنيسة الإصلاح بقرية دلجا بدير مواس، وحرق منزل القس انجيلوس كاهن كنيسة العذراء والأنبا إبرام، ومهاجمة كنيسة مار مينا بمنطقة أبو هلال بمدينة المنيا وحرق وجهة المدخل ومبنى الخدمات وواجهة ومركز طبى تابع لها.
وتابع التقرير، كما تم حرق الكنيسة الإنجيلية بمنطقة جاد السيد، وحرق كامل كنيسة الأمير تادرس بشارع الجيش أمام صيدناوى، وحرق كنيسة خلاص النفوس، وحرق مدرسة ودير راهبات القديس يوسف، ومهاجمة كنيسة الأنبا موسى الأسود وقذفها وإلقاء زجاجات المولوتوف عليها بمنطقة أبو هلال، و حرق كنيسة مار يوحنا بشارع السوق، والاعتداء على كنيسة العذراء وإنزال الصلبان من أعلى مدخلها وإشعال النيران فى الصلبان، وكذلك تم حرق جمعية الجزويت والفرير التابعة للكنيسة الكاثوليكية، وحرق مدرسة الأقباط الثانوية بنين، وحرق ملجأ قبطى للأطفال "جنود المسيح" ونقل 24 طفلا لمكان آخر، وحرق الكنيسة الإنجيلية بأبوة هلال، وحرق الكنيسة المعمدانية بمركز بنى مزار، كما تم تكسير ونهب عدة محال وصيدليات منها صيدلية العروبة ومحل للحديد والبويات وبعض السيارات التى يملكها أقباط، ومهاجمة مركبة نيلية "الذهبية" التابع للكنيسة الإنجيلية بكورنيش المنيا، وحرق نادى الشبان المسيحيين "الوادى" بالمنيا.
واستطرد التقرير فى محافظة أسيوط تم حرق كنيسة مار يوحنا المعمدان مركز أبنوب، وحرق كنيسة الإدفنست بشارع يسرى راغب بمدينة أسيوط، وحرق الكنيسة الرسولية بشارع قلتة بمدينة أسيوط، وحرق كنيسة مار جرجس للأقباط الأرثوذكس بشارع قلتة بمدينة أسيوط، والاعتداء على كنيسة الملاك بالحجارة بشارع النميس، وحصار مطرانية الأقباط الأرثوذكس بمركز أبو تيج، والاعتداء على منازل وممتلكات الأقباط فى شوارع قلتة والجمهورية وحرق هيكل بكنيسة سانت تريز.
وفى محافظة الفيوم تم حرق كنيسة العذراء بالمنزلة بمركز يوسف الصديق، وحرق كنيسة الأمير تادرس بقرية المنزلة بمركز يوسف الصديق، وحرق كنيسة الشهيدة دميانة بقرية الزربى بمركز طامية، واقتحام ونهب محتويات الكنيسة الإنجيلية بقرية الزربى بمركز طامية، وحرق جمعية أصدقاء الكتاب المقدس.
وأردف التقرير، "فى محافظة الجيزة تم حرق كنيسة الملاك ميخائيل بكرداسة، واقتحام ونهب محتويات مطرانية أطفيح دير كرم الرسل، ومحاصرة كنيسة الشهيدين بصول بأطفيح، ومحاصرة كنيسة العذراء بمركز الصف.. وفى محافظة السويس، تم حرق الكنيسة اليونانية القديمة بشارع براديس للكاثوليك، واقتحام وحرق مدرسة وكنيسة الراعى الصالح، وحرق مدرسة الفرنسيسكان، وفى محافظة شمال سيناء، تم حرق كنيسة مار جرجس بشارع 23 يوليو بالعريش، وفى محافظة سوهاج تم حرق كنيسة مار جرجس مقر مطرانية سوهاج ومبنى الخدمات التابع لها".
وفى محافظة الأقصر، تم حرق عدد من المحال التجارية وممتلكات الأقباط بشارع معبد الكرنك ومنها محلات سانت كلوز ومحلات "أرخصهم" للجلود وفندق حورس وصيدلية موريس، وفى بنى سويف تم حرق مدرسة الراهبات الكاثوليك واحتلالها، ورشق كنيسة مار جرجس الوسطى بالحجارة.
كما رصدت غرف العمليات العديد من حالات التعدى الجزئى والتحرش بمجموعة من الكنائس منها كنيسة مار مرقص للأقباط الكاثوليك فى المنيا بإلقاء الحجارة ومحاولة الاقتحام، وكنيسة الآباء اليسوعيين بالمنيا ومحاولة اقتحامها وإلقاء حجارة وطوب عليها، ومدرسة الآباء اليسوعيين بالمنيا بمحاولة الحرق، وكنيسة مار جرجس باكوس، وفى الإسكندرية تم إطلاق أعيرة نارية، وكنيسة الأنبا ماكسيموس شارع 45 الإسكندرية بإلقاء حجارة، ومطرانية ملوى، وبمحافظة المنيا حدث إطلاق أعيرة نارية ومولوتوف وحجارة عليها، ومطرانية الأقباط الأرثوذكس دير مواس المنيا وإطلاق أعيرة نارية ومولوتوف وحجارة عليها، ومطرانية مار يوحنا المعمدان القوصية، بأسيوط وإلقاء حجارة، وكنيسة العذراء كفر عبده، و6 أكتوبر وإطلاق أعيرة نارية وحجارة.
