سارعت مصر إلى إعلان دعمها لدولة جنوب السودان والاعتراف بها دولة مستقلة، وإقامة علاقات دبلوماسية معها، وذلك فى إطار حرص مصر على رغبة أبناء الجنوب فى أن تكون لهم دولة مستقلة خاصة بهم ومنفصلة عن الشمال، وهناك تنسيقٌ بين مصر وجنوب السودان فيما يتعلق بحوض نهر النيل، وفى التوصل إلى حلول للصراعات بالطرق السلمية لتحقيق الاستقرار في جنوب السودان والقرن الأفريقي والقارة الإفريقية.
وفى إطار دعم مصر لدولة جنوب السودان، أرسلت مصر أكبر قوة لقوات حفظ السلام الدولية بجنوب السودان، حرصا على دعم استقرار الدولة، وتسعى مصر إلى زيادة دعمها لدولة جنوب السودان فى مجالات التعليم والصحة والمشروعات الخدمية والبنية التحتية، والتعاون المشترك فى كافة المجالات.
في العام 2011 م اعترفت مصر رسميا بجمهورية جنوب السودان، وذلك لدى وصول الوفد المصري المشارك في احتفالات إعلان الدولة في جوبا، وقام الوفد المصري المشارك في الاحتفالات بتسليم خطاب رسمي بالاعتراف بجمهورية جنوب السودان.
وأكد الوفد المصري على حرص مصر على دعم وتعزيز العلاقات مع الأشقاء في جنوب السودان ومواصلة الدور المصري في تقريب وجهات النظر بهدف تسوية المسائل العالقة بين شمال السودان وجنوبه، وبما يؤمن علاقات جيدة ومستقرة بينهما في مختلف أنحاء المنطقة.
وفي 23 سبتمبر سنة 2014 م استقبل الرئيس عبد الفتاح السيسي بنيويورك، سيلفا كير ميارديت رئيس جمهورية جنوب السودان، على هامش أعمال الدورة التاسعة والستين للجمعية العامة للأمم المتحدة، ثمّن سيلفا كير دور مصر سواء في منطقة الشرق الأوسط أو في إفريقيا، مشيدا بالدعم المصري لبلاده في مختلف المجالات، ولا سيما في مجال التعليم، معرباً عن تطلعهم لاستمرار هذا الدعم وأضاف سيلفا كير أن حكومته ملتزمة بالنهج السلمي لتسوية الأزمة الداخلية فى جنوب السودان، وأكد السيسى على أهمية أن يمثل نهر النيل فرصة حقيقية للتعاون والتنمية في منطقة دول الحوض، وبما يحقق المكاسب لكافة الأطراف.
وحين ترأس الرئيس عبد الفتاح السيسي قمة مجلس السلم والأمن الإفريقي، التي ناقشت تطورات الوضع في جنوب السودان، أكد على أهمية التوصل إلى آلية فعالة لمساعدة كافة الأطراف الجنوب سودانية على التمسك بخيار السلام ومساندتها على تنفيذ بنود اتفاق السلام وإرساء أسس الأمن والاستقرار، وإيجاد حلول عاجلة للأزمة الإنسانية في جنوب السودان، والنهوض بالوضع الاقتصادي المتردي به لتحقيق ما يتطلع إليه أبناؤه من آمال في السلم والاستقرار والتقدم، وأعرب الرئيس السيسي عن أهمية متابعة التنسيق مع حكومة الوحدة الوطنية الانتقالية بجنوب السودان من أجل الاتفاق على ولاية القوة المُقترح نشرها وتشكيلها ومناطق انتشارها، بما يأخذ شواغل حكومة جنوب السودان في الاعتبار، كما أكد الرئيس السيسي أن مصر مستمرة في مساندتها لكافة الجهود الرامية لدعم تنفيذ اتفاق التسوية السلمية في جنوب السودان.
وكان لمصر مواقف واضحة إزاء بعض التحديات السياسية التي واجهت جنوب السودان ولاسيما قضية " أبيي" ، الغنية بالبترول المتنازع عليها بين الشمال والجنوب والتى تم تحويل قضيتها إلى محكمة التحكيم الدائمة بلاهاى لتحديد حدودها، إذ رحبت مصر بالقرار الذى صدر عن المحكمة ودعت الأطراف إلى الالتزام به، بالإضافة إلى استمرار المساهمة المصرية بأكبر مكون فى قوات حفظ السلام الدولية بجنوب السودان.
