يذكر أن محمد خليل، كان قد تعرض للإصابة بقطع في الرباط الصليبي الأمامي للركبة اليسرى، أثناء تدريبه مع فريق 2000 الذي يقوده أمين عرابي، وذلك بعد يوم واحد من خوضه مباراة مع فريق 1999، بقيادة مدحت طه إسماعيل، أمام الإنتاج الحربى، في بطولة الجمهورية، وتسجيله الهدف الأول بمجهود فردي رائع، ليساهم في فوز الأهلي 2–1.

وأكد طبيب فريق 2000 الدكتور محمود عبد العليم، في تصريحات للموقع الرسمي، أن الجراحة استغرقت ساعتين ونصف، وأنها أجريت لعلاج قطع في الرباط الصليبي للركبة اليسرى، وإصلاح لقطع في الغضروف، مؤكدًا أن خليل سوف يبدأ التأهيل البدني من الغد، من أجل تقوية العضلات سريعًا.

وأوضح عبد العليم، أن فترة غياب محمد خليل عن الملاعب ستتراوح بين 6 أو 7 شهور، مؤكدًا أن الإصابة لن تؤثر مطلقًا على مستقبله، خاصة وأن استعداد اللاعبين الصغار للشفاء من إصابات الرباط الصليبي، وقدرة عظامهم على الالتئام تكون أكثر من اللاعبين الأكبر سنًا.